Rad Agencije uređen je zakonima Crne Gore, prije svega Zakonom o energetici iz 2003. godine kojim je i osnovana.
U svom radu Agencija poštuje i izvršava obaveze iz međunarodnih akata čiji je Crna Gora potpisnik ili koji je obavezuju.To je prije svega Sporazum o formiranju Energetske zajednice zemalja Jugoistočne Evrope koji je Skupština Crne Gore ratifikovala u oktobru mjesecu 2006. godine. Agencija u skladu sa ovlašćenjima utvrđenim Zakonom o energetici donosi opšte akte u svrhu regulisanja energetskog sektora Crne Gore.
Agencija donosi interne akte kojima uređuje unutrašnju organizaciju, način rada i poslovanja itd.
Agencija utvrđuje cijene i tarife za električnu energiju u skladu sa uslovima iz Zakona i pravilima i procedurama koje sama utvrđuje.
Agencija je, u skladu sa zakonskim ovlašćenjima donijela Pravilnik o tarifama za električnu energiju, kojim je uređen način utvrđivanja naknada elektroenergetskim subjektima za obavljanje licenciranih djelatnosti i način utvrđivanja tarifa za električnu energiju koja se isporučuje, kao i usluge koje u vezi sa tom isporukom potrošačima obezbjeđuju elektroenergetski subjekti u skladu sa Zakonom.
Zakonom je propisano da Agencija utvrđuje cijenu uglja za proizvodnju električne energije u periodu od pet godina od dana stupanja zakona na snagu. Saglasno ovlašćenjima iz Zakona, Agencija je donijela Pravila za utvrđivanje cijene uglja za proizvodnju električne energije na osnovu kojih utvrđuje cijenu uglja.
Zakon o energetici zahtijeva osnivanje organizacionog tržišta električne energije, na kome će se promet električne energije obavljati preko operatora tržišta. Agencija u skladu sa ovlašćenjima koja su joj data Zakonom objavljuje pravila za omogućavanje osnivanja organizovanog tržišta.
Proces otvaranja tržišta će se realizovati postepeno, po fazama. Donošenju odluke o otvaranju tržišta prethodi utvrđivanje modela tržišta električne energije u Crnoj Gori, a zatim i niza akata kojima se bliže uređuju aktivnosti procedure neophodne za funkcionisanje tržišta.
Agencija izdaje licence za obavljanje djelatnosti u sektoru energetike u Crnoj Gori, u skladu sa Zakonom o energetici i Pravilnikom o licencama u energetskom sektoru Crne Gore koji je donijela u skladu sa svojim obavezama utvrđenim Zakonom. Nakon što Agencija izda licencu, na zahtjev subjekta, domaćeg ili stranog, isti stiče pravo da pruža usluge u energetskom sektoru u skladu sa uslovima i rokovima iz svoje licence. Pravilnikom su utvrđene vrste licenci koje se izdaju subjektima u elektroenergetskim djelatnostima i djelatnostima u oblasti nafte i gasa.
Agencija se finansira iz naknada za izdavanje licenci, godišnjih naknada za korišćenje licenci, naknada za utvrđivanje statusa zatvorenog distributivnog sistema, godišnjih naknada za korišćenje statusa zatvorenog distributivnog sistema i naknada za rješavanje sporova, kao i naknade koju plaćaju vršioci regulisanih komunalnih djelatnosti.
Sredstva neophodna za finansiranje Agencije utvrđuju se godišnjim finansijskim planom koji usvaja Skupština Crne Gore.
Agencija samostalno raspolaže sredstvima koja su utvrđena finansijskim planom.
Iznosi naknada preko kojih se finansira Agencija utvrđuju se odlukom na osnovu usvojenog finansijskog plana i metodologije za utvrđivanje načina obezbjeđivanja sredstava za rad Agencije.